Marnix van Rij was partijvoorzitter van het CDA in de periode 1999-oktober 2001. Van Rij gaf verder gestalte aan de door zijn voorganger Hans Helgers ingezette partijvernieuwing. Hij voerde onder meer het principe one person one vote op partijcongressen in en de directe verkiezing –bij een meervoudige voordracht- van de partijvoorzitter door de leden. Voor zijn voorzitterschap was hij CDA-fractievoorzitter en -wethouder in de gemeente Wassenaar,
Van Rij trad in oktober 2001 af als partjvoorzitter vanwege onenigheid met fractievoorzitter De Hoop Scheffer over de te voeren campagne
Van Rij is sinds oktober 2009 voorzitter van de Eduardo Freistichting, de CDA-Stichting voor Internationale Solidariteit. Hij was ook lid van de Programcommissie Europese verkiezingen 2009 die het verkiezingsprogramma Kracht en ambitie schreef
