Ook gemeenten hebben belangrijke taken op het gebied van het beheer van (afval)water. Naast het traditionele beheer en onderhoud van rioleringen is door de Wet op de Gemeentelijke Watertaken ook een taak voor de gemeente weggelegd op het gebied van de bestrijding van overlast door overtollig hemel- en grondwater. Een goede uitvoering van deze taken vergt nauwe samenwerking tussen de gemeenten en het waterschap.